Os Filhos do Dragão

Começou a sua carreira como treinador do União de Santarém no ano de 1992, o qual viria a abandonar em 1994 após ter ganho o Campeonato Nacional da 3ª Divisão. Ingressou no U. Montemor. Em 1996, deixa Montemor para ir treinar um histórico da cidade de Lisboa, o Oriental, no qual permanece dois anos até se transferir para a Madeira para treinar o Nacional. É no Nacional que começa a dar nas vistas, apresentando uma filosofia de jogo moderna e pouco vista em Portugal, que viria a ter resultados em 2000 ao conquistar o Campeonato Nacional da 2ª B, e em 2002 com o 3º lugar na segunda liga que permitiu a ascensão do clube ao principal escalão do futebol profissional português. Na época de 2003/2004 José Peseiro, assume o cargo de treinador-adjunto no Real Madrid, ao lado de Carlos Queirós, técnico principal. Esta aventura não foi bem sucedida, tendo durado apenas um ano. José Peseiro foi despedido, devido aos fracos resultados desportivos da equipa.

Em 2004 José Peseiro regressa ao cargo de treinador principal em Portugal, num outro histórico nacional, o Sporting Clube de Portugal. Rotulado como um treinador da nova geração, sendo José Mourinho o "pai" dessa geração, Peseiro demonstrou-se ambicioso em conseguir grandes conquistas com o seu novo clube, o que, pese embora tenha atingido a final da taça UEFA, não viria a acontecer. O início da época seguinte foi pouco menos que catastrófico, perdendo a qualificação para a Liga dos Campeões contra a Udinese. Ainda que o campeonato não tenha começado mal para o Sporting, uma primeira derrota contra o Nacional, a que se seguiu uma vitória sofrida contra o Vitória de Setúbal, antecipava uma série de desaires que culminariam com a demissão de José Peseiro. Embora este tivesse prometido melhorias em relação ao encontro frente ao Vitória, o Sporting voltaria às derrotas no jogo seguinte, em casa, contra o Halmstads BK, ficando então arredado da Taça UEFA e das competições europeias nessa época. Seguiram-se mais duas derrotas, contra o Paços de Ferreira, recém promovido à Primeira Liga, e contra a Académica de Coimbra, empurrando o Sporting para um invulgar 7º lugar. A 18 de Outubro de 2005, dois dias depois, sem outra opção face ao desagrado claramente demonstrado pelos adeptos, o presidente António Dias da Cunha aceita a demissão do treinador.

A 5 de Junho de 2007 assume o cargo de treinador do Panathinaikos. Na apresentação, prometeu títulos à frente de uma grande equipa europeia, porém perante não ter conseguido alcançar qualquer título, demitiu-se a 14 de Maio de 2008. A 3 de Junho de 2008 foi apresentado como treinador do Rapid Bucureste tendo, a 2 de Outubro, do mesmo ano, sido despedido do comando técnico da equipa. Em Fevereiro de 2009 e após a demissão de Nasser Al-Johar do comando da Arábia Saudita, Peseiro foi anunciado como o novo treinador, apesar de ter chegado já com a fase de qualificação para o mundial 2010 em andamento, numa selecção que estava longe dos lugares qualificação, Peseiro conseguiu o 2º lugar,que dá acesso ao play-off. No play-off, jogou com o Barém. Na 1ª mão empatou fora a 0-0, na 2ª,apesar da superioridade de jogo apresentado pela Arábia e apesar da vantagem de 2 golos que teve durante uma boa parte da partida, o Barém marcou a meio da 2ª parte e no último segundo de jogo, quando os adeptos já festejavam o apuramento da Arábia, o Barém marca, resultado final empate a 2, Barém qualifica-se para a última eliminatória de play-off,onde vai jogar com a Nova Zelândia.

Em Junho de 2012 foi anunciado como novo treinador do Sporting Clube de Braga. A 29 de Maio de 2013, José Peseiro e o Braga acordaram a rescisão amigável de contrato, apesar da conquista da Taça da Liga a 13 de Abril de 2013. Em Outubro de 2015, o clube egípcio Al Ahly contratou José Peseiro, apesar dos protestos dos adeptos.

A 19 de Janeiro de 2016, foi anunciado como treinador do F.C.Porto, substituindo Julen Lopetegui. A 30 de Maio de 2016 acabou por rescindir contrato com o F.C.Porto, após o clube acabar a época em 3º lugar e de ter perdido a final da Taça de Portugal frente ao Braga. Dia 31 de Maio de 2016 José Peseiro é despedido.

No dia 6 de Junho de 2016, foi contratado como técnico do Sporting Clube de Braga por duas temporadas substituindo Paulo Fonseca e regressando assim ao clube que representou em 2012/2013 e ao qual ajudou a conquistar uma Taça da Liga.

Títulos Conquistados Noutros Clubes: