Os Filhos do Dragão

Iniciou a sua carreira no Admira Wacker Mödling, onde permaneceu durante quinze anos, sendo dois como profissional. Na equipa principal, apesar do seu inicio tardio, teve boas participações, apesar de limitadas. Mesmo assim, o Red Bull Salzburg demonstrou interesse nele, e contratou-o. Logo na sua temporada de estreia, marcou onze vezes em dez partidas.

Janko ao receber o prémio de Melhor Marcador da Bundesliga Austríaca, em 2009, viveu uma das suas melhores temporadas na equipa durante 2008-09, quando conseguiu marcar impressionantes trinta e nove golos, apenas na liga nacional. Tendo marcado cinco vezes nas duas primeiras partidas, acabou por bater a meio da temporada o recorde de Oliver Bierhoff de mais golos marcados durante uma temporada (23). No final, além de seus trinta e nove tentos, em trinta e quatro partidas, também distribuiu nove assistências, terminando ainda, como campeão nacional. Também renovou a 30 de Janeiro de 2009 o seu contrato com a equipa, prolongado até 2013.


Após defender durante as últimas cinco temporadas o Salzburg, Janko transferiu-se a 21 de Junho de 2010 para o futebol Holandês, indo defender o Twente, que acabara de conquistar o seu primeiro título do campeonato Holandês. Os valores da negociação não foram revelados, mas são especulados em torno de quatro a sete milhões de euros por um contrato de quatro temporadas.

Após um início fraco no futebol Holandês, onde marcou no campeonato apenas oito vezes em dezessete partidas, Janko acabaria despontando no início de 2011, quando marcou seis vezes em apenas duas partidas. A primeira, contra o Heracles Almelo, marcou quatro na vitória por 5-0 e, na segunda, marcou outros dois na vitória sobre o Groningen por 2-1.

Conquistou o seu primeiro título pelo Twente a 8 de Maio de 2011, quando a sua equipa venceu a Taça da Holanda sobre o Ajax. Após ter estado a perder por 2-0, o Twente conseguiu o empate e virou com um tento de Janko aos doze minutos do segundo tempo da prolongamento.

Mesmo tendo vencido o Ajax na final da Taça da Holanda, o Twente não teve a mesma sorte no campeonato. Tendo chegado á última jornada na liderança, estando o Ajax em segundo dois pontos atrás, as duas equipas enfrentaram-se na jornada decisiva e mesmo com a vantagem na classificação, o Twente perdeu a partida por 3-1, e consequentemente o bicampeonato Holandês. Janko apesar de não ter mantido as suas actuações do início do campeonato, terminou como melhor marcador da equipa no campeonato, com catorze tentos.

As duas equipas voltariam a enfrentar-se novamente na disputa da Supertaça da Holanda. Mesmo sua equipa tendo actuado durante quase toda a partida com um a menos, terminou campeã ao vencer o Ajax por 2-1, tendo Janko marcado o primeiro golo da partida aos 21 minutos, de pênalti. Antes da final da Supertaça, a sua equipa já tinha disputado uma partida na fase da qualificação da Liga dos Campeões da UEFA, tendo Janko marcado os dois tentos (sendo o primeiro de pênalti) da vitória sobre o Vaslui. Já na sua estreia do Campeonato Holandês, marcou o tento, de pênalti, da vitória sobre o NAC Breda por 1-0.

Durante a partida da Áustria contra a Alemanha, nas eliminatórias do Euro 2012, foi anunciada a sua transferência para o Porto a 30 de Janeiro de 2012. Os valores da negociação não foram revelados, mas de acordo com a imprensa portuguesa, ficou em torno de três milhões de euros.

Selecção Austríaca

Sua estreia na equipa da Áustria aconteceu na partida contra a Croácia, em Maio de 2006. Porém, apesar das suas boas exibições no Salzburg, acabou ficando de fora do Europeu de 2008, quando Josef Hickersberger o deixou de fora da lista de convocados, por Janko ser suplente na sua equipa. Após a saída do mesmo, acabou virando figura certa na lista de convocatórias, e, posteriormente, também se tornaria o capitão da equipa.
Após a demissão do treinador Dietmar Constantini, o qual não o vinha convocacando para as últimas partidas da Áustria, Janko marcou duas vezes (quebreando um jejum que durava há dois anos) na primeira partida sem o treinador, garantindo a vitória sobre o Azerbaijão por 4-1, nas eliminatórias do Euro 2012.